Этот случай нетипичный, если аббревиатуру и ставят в скобках, то после полного наименования, а не до, не говоря уже о запятой. А автозамену нужно делать более гибкой, нам в помощь есть всевозможные регулярки, правда тут столько клинических случаев, что этих самых регулярок просто не напасёшься.
cn
Страшно подумать, что будет если отменить все автоматические правила. Слишком многие с пробелами не дружат.