solg, верно чувствуете! 
Этот инструмент не доделан. Система Палладия — это не только табличка, но и ещё несколько дополнительных правил к ней. В данном случае автомату следовало задействовать правило про стык слогов, но разработчики этой программы, видимо, сделали только табличку, но не изучили дополнительные правила этой системы, и потому не внесли в алгоритмы.Цитата:Стык слогов
Если при транскрипции двух соседних слогов одного слова первый заканчивается на -н, а следующий начинается на гласную, то на стыке ставится разделительный ъ, например: 长安 Чанъань, 朋友 пэнъю.
Когда-то с Википедии скопировал и сделал себе вот такую табличку и список правил к ней. Прикрепляю.
Перевод пиньиня в систему Палладия.pdf (Размер: 93.26 Кб)
Табличка получилась удачной — уже несколько лет ею пользуюсь. Транслитерация, конечно же, не автоматическая, приходится делать также, как по простой бумажной книжке. Периодически табличку эту распечатываю, так как часто теряется. Если под рукой распечатанной нет, вполне удобно пользоваться в электронном виде, так как pdf везде открывается, размер маленький. Ссылка на статью уже изменилась: в оффлайновой версии Вики эту статью можно найти по запросу «Палладица»; если кому не лень ковырнуть pdf, подправьте.