空气中的菌种与动植物接触， 产生酦酵作用的过程。 传统制造香肠、 醋或酿酒者采用这种方式， 容易使不良的菌种带入食物中， 后来改用人工的方式， 把良好的菌种培养在隔离的环境中， 避免不良菌种渗入， 即所谓的“菌”。 目前发展出来的菌种类包括乳酸杆菌属、 细球菌属及非病原性葡萄球菌属等。