1) вершина и корень дерева

2) внешность и существо; внешний вид и подлинная суть

3) видоизменение (разновидность) и основная природа; вариант и инвариант

4) образец, модель, экспонат, чучело

5) препарат

6) хим. проба

коробка, коробок, шкатулка, ларец, футляр, лоток (тж. счётное слово)